一番の問題は、総務省が「何も問題は無い」と言っていることでしょう。セキュリティに完璧というものはあり得ない、という姿勢が基本だと思います。
長野県の実験では地方自治情報センターが管理するファイアーウォールを突破できなかった(しようとしなかった)ので、総務省では住基ネットのセキュリティは問題無いなどと言っているようですが、セキュリティというのは、それ以外の部分も含めた全体として議論すべきものです。総務省の姿勢は、全面的に支持できません。